Sử dụng VMD

Trước tiên cần cài đặt VMD,

  • tải VMD tại địa chỉ này ,ở thời điểm bài viết thì bản 1.9.2 là mới nhất. Mình chọn bản “LINUX_64 OpenGL, CUDA (Linux (RHEL 4.6 and later) 64-bit Intel/AMD x86_64 w/ SSE, with CUDA)”
  • Giải nén VMD:  tar xvf vmd-1.9.2.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz
  • vào trong thư mục vừa giải nén và config VMD : ./configure
  • vào thư mục src và cài đặt: cd src/ && sudo make install

 

Ở đây ta sẽ hiển thị phân tử ADN trong nước với muối ( nước ở đây đã bị loại bỏ)Screenshot from 2016-08-21 23-25-03

  • để hiển thị riêng ADN và ion làm như sau:
    • ở cửa sổ VMD Main: Graphics>Representations
    • ở ô Selected Atoms gõ: nucleic rồi chọn Create Rep
    • tiếp tục, ô Selected Atoms gõ: ion và chọn Create Rep
    • click vào các properties của từng loại( ion hoặc nucleic) để chọn các thuộc tính ở Coloring Method và Drawing Method

vmd1

 Hiển thị protein thì lại phức tạp hơn, vì protein có tới 20 loại amino acid, mỗi loại cấu tạo lại khác nhau mà ta đều cần quan tâm, chẳng hạn như cầu disulfide của amino CYS,

  • Để hiển thị residue CYS thì trong ô selected Atoms : resname CYS
  • để biết đuợc trên màn hiển thị, các nguyên tử thuộc residue nào, tên là gì, tạo độ ra sao thì ở cửa sổ VMD Main> Mouse> Query> rồi click chuột vào VMD Display ( click vào nguyên tử muốn xem)screenshot-from-2016-12-13-11-36-29
Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

Create a free website or blog at WordPress.com.

Up ↑

mlcvGru

Random thoughts on Machine Learning, Deep Learning and (sometimes) Computer Vision

LazyT

Góc nhỏ của Quyền

phanlan

we get what we give, sống là cho đi

Codeaholicguy

software engineer, team lead at #kobiton, blogger at @codeaholicguy

Maths 4 Physics & more...

Blog Toán Cao Cấp (M4Ps)

Vatlyvietnam's Blog

Thế Giới Song Song

Darren Wilkinson's research blog

Statistics, computing, data science, Bayes, stochastic modelling, systems biology and bioinformatics

Ông Xuân Hồng

Chia sẻ kiến thức và thông tin về Machine learning

Từ coder đến developer - Tôi đi code dạo

Lập trình viên giỏi không phải chỉ biết code

Computational Biology and Molecular Modelling

An interface between biology, chemistry and computer science

Moriator - I can do it!

Linux dễ dàng hơn bạn nghĩ!

VinaCode

Lập trình & Cuộc sống

Blog của Chiến

Học. Thực hành. Sáng tạo

Bespoke Blog

Science! Culture! Computational Engines!

Vuhavan's Blog

Just another WordPress.com weblog

%d bloggers like this: