Gromacs Notes

fc

Một số điều nhận ra trong GROMACS, những điều này có thể hữu ích với một số người, có thể không.

  • dt=2fs là bước thời gian lớn nhất mà GROMACS có thể chạy sao cho hệ vẫn ổn định ( có một số thủ thuật có thể tăng dt lên tới 4fs, cần đọc nhiều hơn để đảm bảo an toàn)
  • để chạy trên GPU, dùng
    • cutoff-scheme= verlet
  • đặt các thông số sau: với box type= dodecahedron thì sẽ được phần PME cỡ 0.17, GPU/CPU time ~ 1( cỡ 0.945) (theo như GROMACS gợi ý, PME mesh load cần lớn hơn 0.25 và nhỏ hơn 0.33 thì cho hiệu quả cao)
    • nstlist        = 40
    • rcoulomb=rvdw=1.0
    • coulombtype    = PME
    • pme_order    = 4
  • pme_order càng cao, fourierspacing càng nhỏ thì thời gian tính toán càng lớn( bù lại là độ chính xác lớn, nên tùy từng trường hợp cần độ chính xác đến mức nào)
  • khi mô phỏng hệ có DNA-ions, sau khi thêm ions thì nên kéo ions vào gần DNA( tích điện âm) để giảm thời gian cân bằng, chẳng hạn với hệ có DNA-SOL-NA-CL, code sau kéo NA vào gần DNA
"""
chuong trinh tim ra cac ion NA trong file ions.gro( duoc tao ra sau khi module genion)
de chuong trinh chay tiet kiem thoi gian, cho cac ion gan vao ADN
ADN nam trong vung 13-16 theo chieu x,y, theo chieu z nam tu -2 den 16
"""
import re
import numpy as np
x=np.random.uniform(10,18,129)
y=np.random.uniform(10,18,129)
z=np.random.uniform(-2,16,129)
arr=np.zeros((129,3))

index=0
for idx, idy,idz in zip(x,y,z):
while(idx>13 and idx< 16): idx=np.random.uniform(10,18) arr[index,0]= idx while(idy>13 and idy< 16):
idy=np.random.uniform(10,18)
arr[index,1]= idy
arr[index,2]= idz
index=index+1

index=0
#read file
with open('ions.gro') as f:
content=f.read().splitlines()
for line in content:
#print line[5:8]
if "NA" in line:
#print line
var=re.split(r'\s+',line)
#print var
var[3]=arr[index,0]
var[4]=arr[index,1]
var[5]=arr[index,2]
index +=1
print("%s      %s  %3d  %5.3f  %5.3f  %5.3f" %var[0],var[1],int(var[2]),float(var[3]), float(var[4]),float(var[5]) ))
  • intergrator=sd tương đương với intergrator=md+tcoupl=yes
Advertisements

Leave a Reply

Fill in your details below or click an icon to log in:

WordPress.com Logo

You are commenting using your WordPress.com account. Log Out / Change )

Twitter picture

You are commenting using your Twitter account. Log Out / Change )

Facebook photo

You are commenting using your Facebook account. Log Out / Change )

Google+ photo

You are commenting using your Google+ account. Log Out / Change )

Connecting to %s

Blog at WordPress.com.

Up ↑

mlcvGru

Random thoughts on Machine Learning, Deep Learning and (sometimes) Computer Vision

LazyT

Góc nhỏ của Quyền

phanlan

we get what we give, sống là cho đi

Codeaholicguy

software engineer, team lead at #kobiton, blogger at @codeaholicguy

Maths 4 Physics & more...

Blog Toán Cao Cấp (M4Ps)

Vatlyvietnam's Blog

Thế Giới Song Song

Darren Wilkinson's research blog

Statistics, computing, data science, Bayes, stochastic modelling, systems biology and bioinformatics

Ông Xuân Hồng

Chia sẻ kiến thức và thông tin về Machine learning

Từ coder đến developer - Tôi đi code dạo

Lập trình viên giỏi không phải chỉ biết code

Computational Biology and Molecular Modelling

An interface between biology, chemistry and computer science

Moriator - I can do it!

Linux dễ dàng hơn bạn nghĩ!

VinaCode

Lập trình & Cuộc sống

Blog của Chiến

Học. Thực hành. Sáng tạo

Bespoke Blog

Science! Culture! Computational Engines!

Vuhavan's Blog

Just another WordPress.com weblog

%d bloggers like this: